Doktoranci niniejszych studiów środowiskowych, rekrutowani są na studia w dyscyplinach naukowych, do których uprawnienia posiadają macierzyste wydziały członków Rady Programowej Studiów. Oznacza to, iż obrona prac doktorskich odbywać się będzie przed Radami tych Wydziałów w zakresie dyscyplin do których rady te posiadają uprawnienia co naj-mniej doktorskie. W przypadkach szczególnych dopuszcza się otwarcie doktoratu i jego późniejszą obronę przed Radą Naukową wybranego Partnera.
Doktoranci podlegają wszelkim unormowaniom prawnym co do zasad odbywania studiów doktoranckich na macierzystych jednostkach członków rady jedynie z odpowiednią modyfikacją programów studiów, zawierającą w szczególności trzy rygory:
